Alytaus Piliakalnio progimnazija savo veiklą grindžia Lietuvos Respublikos Konstitucija, Lietuvos Respublikos švietimo ir kitais įstatymais, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimais, Švietimo ir mokslo ministerijos teisės aktais ir „Reikalavimų valstybinių ir savivaldybių mokyklų nuostatams“ pagrindu parengtais įstaigos nuostatais.
Pagrindiniai dokumentai reglamentuojantys mokyklos veiklą:
- Švietimo įstatymas (2011)
- Vaiko minimalios ir vidutinės priežiūros įstatymas (2010)
- Valstybinė švietimo 2013–2022 metų strategija
- Nuosekliojo mokymosi pagal bendrojo ugdymo programas tvarkos aprašas (2012)
- Priėmimo į valstybinę ir savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklą bendrųjų kriterijų sąrašas (2011)
- Transporto lengvatų įstatymo pakeitimo įstatymas (2013)